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AccuCopy?
技術方法:

      上海天昊生物科技有限公司開發的AccuCopy?多重基因拷貝數檢測專利技術(專利號:201010180551.2),根據客戶項目要求合成特異引物和競爭模板,以及優化PCR反應體系后組裝而成。該專利技術原理說明見圖1:取一定量的競爭DNA片段混合物----每個片段與各自對應基因片段僅有微小差別(通常為幾個堿基長度差異),然后與合適量的樣本DNA混合,作為隨后多重熒光競爭性PCR擴增的模板;多重PCR產物經毛細管電泳后對不同基因位點擴增產物以及同一位點的不同模板(樣本DNA與競爭DNA)擴增產物根據其長度差異進行分離;分析每個基因片段的S/I值,利用參照基因S/I值對目標基因S/I值進行校正后獲取目標基因的準確拷貝數。 與其它拷貝數檢測技術如qRT-PCR和MLPA相比,該檢測專利技術具備低成本、高效率、高準確性的優勢。PCR擴增產物用ABI3130XL進行毛細管電泳,原始數據文件采用GeneMapper4.0(Life technologies)進行目標峰高及峰面積數據讀取,輸出數據采用EXCEL進行處理分析。


1 AccuCopy?多重CNV檢測技術原理:利用內對照DNA校正不同片段的擴增效率的差異,參照基因R來作為2拷貝的內參基因,用于拷貝數絕對定量。數據處理時,使用目的峰面積S/內對照DNA峰I,再用參照基因R進行標化2拷貝,目的基因片段的拷貝數便可以精確定量了。
 
應用領域:

      本方法適用于各個涉及到DNA拷貝數變異研究的遺傳研究領域,例如疾病基因組研究、腫瘤基因組研究、臨床分子診斷研究、植物基因組研究、動物基因組研究等。尤其適合針對多個候選區域的DNA拷貝數分析,以及全基因組CNV研究后進行進一步的大樣品驗證研究。



天昊生物自主專利技術
      ◣多重檢測可將12-16個片段融入1個檢測體系,其中8-12個檢測目的片段,3-4個參照基因片段。
      ◣最為準確的CNV拷貝數定量檢測方法,平均檢測誤差<5%。
      ◣高靈敏度:可以準確定量高達6個拷貝的目的片段。
      ◣高通量:大樣品量多重CNV拷貝數檢測方法,4小時可以完成CNV拷貝數檢測實驗。
      ◣低成本:無需大量重復,多重實驗為您大大節省實驗成本。
      ◣高靈活性:可根據客戶需求進行設計合成Customer Design Panel及試劑盒,您只需擁有熒光毛細管電泳儀就可以輕松實現高效的拷貝數多重檢測。省去繁瑣的國外定制流程,更快速、更便宜。


檢測對象:

      基因組DNA
 

服務內容:

      1. 課題的設計咨詢包括檢測區域和候選基因區域的選擇;

      2. DNA樣本的質檢與標化;

      3. AccuCopy檢測探針和內對照序列的設計、合成與優化;

      4. AccuCopy多重DNA拷貝數檢測;

      5. DNA拷貝數檢測數據的分析與結果報告。


檢測實例:



圖1. AccuCopy?在1個體系中進行10個目的片段多重定量檢測的熒光毛細管電泳圖。
圖2. AccuCopy檢測實例I:染色體21、X、Y拷貝數檢測,參照基因POP1。





1. Du R, Lu C, Jiang Z , et al. Efficient typing of copy number variations in a segmental duplication-mediated rearrangement hotspot using multiplex competitive amplification. J Hum Genet. 2012 Aug; 57(8):545-51.
 
      2012年復旦大學張峰教授的研究團隊與上海天昊生物科技有限公司合作,利用上海天昊專利的多重DNA拷貝數檢測技術AccuCopy對CNV產生機制進行了深入的研究.研究者利用AccuCopy這一基于多重競爭性PCR反應的檢測方法對320個精子發生減少病人和93個健康人,在MEIG1、NAHR基因中發現了一系列DNA缺失和重復。此研究第一次發表了AccuCopy多重DNA拷貝數檢測技術,并證實了這一技術在多重CNV檢測中高效性和準確性。

 
2. Liu B, Yang L, Huang B, et al. A functional copy-number variation in MAPKAPK2 predicts risk and prognosis of lung cancer. Am J Hum Genet. 2012 Aug 10; 91(2):384-90.
 
      2012年廣州醫科大學呼吸疾病國家重點實驗室的呂嘉春教授團隊利用天昊AccuCopy技術對CNV在肺癌致病和預后中發揮的作用進行了研究,研究成果發表在《美國人類遺傳學雜志》上。MAPKAPK2 屬于MAPK通路,可以通過致癌作用和藥物抵抗促進腫瘤的發展和侵襲。研究者評估了位于MAPKAPK2啟動子區域已知的拷貝數變異g.CNV-30450不同拷貝數在肺癌發病風險和預后中發揮的效應。研究利用TaqMan定量PCR方法在4789個樣品中進行了CNV分型,同時利用AccuCopy和Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0芯片進了200個隨機樣品的驗證,驗證一致率高達98%。這一研究結果充分反映了AccuCopy具有很高的檢測準確性,同時AccuCopy作為多重CNV檢測技術,具有TaqMan技術和全基因組芯片技術無法匹敵的檢測通量優勢。

 
3. Liu Y, Du Y, Liu W, et al. Lack of association between NLGN3, NLGN4, SHANK2 and SHANK3 gene variants and autism spectrum disorder in a Chinese population. PLoS One. 2013; 8(2):e56639.
  
      復旦大學生命科學院公曉紅教授的科研團隊與上海天昊生物科技有限公司合作,利用AccuCopy?技術和Sanger測序技術對突觸NRXN-NLGN通路中相關基因進行了基因突變和DNA拷貝數檢測,研究了這些基因與中國自閉癥譜系障礙患者的關聯,取得的科研成果于2013年2月發表在PLOS ONE雜志上。研究者利用AccuCopy?技術對NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3四個基因在285個病例中進行拷貝數檢測,結果顯示病例中未發現這4個基因存在缺失和重復的情況。同時研究者通過測序和關聯分析也未發現這些基因中的位點與此疾病存在顯著關聯。研究提示突觸NRXN-NLGN通路這一重要ASD易感通路中的主要基因可能并非是中國人群ASD發病的主要病因。在這一研究中AccuCopy?充分發揮了其對CNV檢測的通量優勢,在大量樣品中同時對多個基因的不同片段區域進行了DNA拷貝數的檢測分析。
 
4. You GL, Ding QL, Lu YL, et al. Characterization of large deletions in the F8 gene using multiple competitive amplification and genome walking technique. J Thromb Haemost. 2013 Mar 29.
 
      上海交通大學附屬瑞金醫院王學峰教授團隊利用AccuCopy?多重DNA拷貝檢測技術對F8 基因DNA拷貝數進行了檢測,成功的對血友病A患者進行了遺傳病因學的診斷,并使用引物步移法和染色體步移法技術對斷點進行分子水平的特性研究。血友病A是人類最常見的凝血機制障礙性疾病,呈X染色體連鎖隱性遺傳,由血漿凝血因子Ⅷ(F8)缺陷所致,因F8基因大片段缺失產生的病患數占重型血友病A的3%。研究者利用AccuCopy?技術對F8基因的26個外顯子進行拷貝數檢測,發現了10種F8基因片段缺失情況,并檢測出4例家族中的女性攜帶者。研究者提出AccuCopy?可以高效地通過檢測大片段DNA拷貝數來進行遺傳學病因診斷,在臨床分子診斷中具有巨大的優勢。


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