• 免費服務熱線
  • 400-065-6886
  • 電話:86(0)512-6295 9990
  • 傳真:86(0)512-6295 9995
新聞中心

【昊工具】m6AVar數據庫:又一個熱點,前沿的寶藏數據庫

發稿時間:2019-10-22來源:天昊生物

網址:http://m6avar.renlab.org開發團隊:中山大學超級計算機學院的任間教授參考文獻:Zheng YY, Nie P, Peng D, He ZH, Liu MN, Xie YB, Miao YY, Zuo ZX* and Ren J*. m6AVar: a database of functional variants involved in m6A modification.Nucleic Acids Research. 2018; 46(D1): D139-145.


→摘要

人類基因組的單核苷酸變異(single nucleotide variants,SNVs)位點數量龐大,尋找其中真正的致病位點仍然是遺傳學研究中的一項重要挑戰。最近, N6-甲基胞嘧啶(m6A)修飾在許多基本生物過程和各種疾病中的關鍵作用被揭示,已經成為一個研究熱點。因此,評估變異對m6A修飾的影響至關重要。m6Avar數據庫由中山大學超級計算機學院的任間教授團隊開發,是可能影響m6A修飾的m6A相關變異綜合數據庫,它將通過m6A修飾的功能來解釋變異的功能。m6A相關變異來源于3種不同的m6A資源,包括miCLIP/PA-m6A-seq實驗(高可信度),MeRIP-Seq實驗(中可信度)和全轉錄組預測(低可信度)。數據庫同時也整合了與變異相關的RBP結合區,miRNA-靶點和剪接位點以幫助用戶研究m6A相關變異對轉錄后調控的影響,為進一步的功能研究提供了很多可以挖掘的資源。同時,該數據庫還整合了來自全基因組關聯研究( genome-wide association studies (GWAS)和ClinVar的數據,所以m6AVar也是研究m6A相關變異和疾病間的關系的一種有用資源。


→數據總覽

m6AVar數據庫收集了來源于dbSNP和TCGA的百萬個位點信息, 成千上萬的有實驗證據的m6A修飾位點信息(來源于7個m6A 單核苷酸分辨率交聯與免疫沉淀(miCLIP)實驗數據,2個 PA-m6A-Seq實驗數據和244個MeRIP-Seq實驗數據),以及大量的預測m6A位點數據。目前,m6Avar數據庫注釋了414,241 m6A相關變異位點,包括dbSNP 來源的352,014 m6A-associated germline mutations和TCGA來源的 62,227 m6A-associated somatic mutations.


→輸入頁面


高血壓疾病的搜索結果展示(可以設計關聯研究或者功能驗證文章):



(點擊查看大圖)

基于m6AVar數據庫的“SNP-m6A-疾病”關聯研究文章

Genome-Wide Identification of N-Methyladenosine (mA) SNPs Associated With Rheumatoid Arthritis.

影響因子:4.154  PMID30123242 期刊年卷:Front Genet 2018;9

Detection of mA-associated SNPs as potential functional variants for coronary artery disease.

影響因子:5  PMID30221544 期刊年卷:Epigenomics 2018 10;10(10)

Genome-wide identification of mA-associated SNPs as potential functional variants for bone mineral density.

影響因子:3.819 PMID29980810 期刊年卷:Osteoporos Int 2018 Sep;29(9)

Genome-wide enrichment of mA-associated single-nucleotide polymorphisms in the lipid loci.

影響因子:3.503 PMID30262821 期刊年卷:Pharmacogenomics J. 2019 Aug;19(4)

Associations among NPPA gene polymorphisms, serum ANP levels, and hypertension in the Chinese Han population.

影響因子:1.935 PMID31341238 期刊年卷:J Hum Hypertens 2019 Sep;33(9)

Examination of the associations between mA-associated single-nucleotide polymorphisms and blood pressure.

影響因子:3.217 PMID31175347 期刊年卷:Hypertens. Res. 2019 Oct;42(10) DOI10.1038/s41440-019-0277-8

Detection of Putative Functional Single Nucleotide Polymorphisms in Blood Pressure Loci and Validation of Association Between Single Nucleotide Polymorphism in WBP1L and Hypertension in the Chinese Han Population.

影響因子:2.371 PMID30422892 期刊年卷:J. Cardiovasc. Pharmacol. 2019 Jan;73(1)

In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.

影響因子:4.522 PMID31245852 期刊年卷:J. Cell. Physiol. 2019 Jun 27;

Integrating genome-wide association study and methylation functional annotation data identified candidate genes and pathways for schizophrenia.

影響因子:4.315 PMID31425724

Putative functional SNPs in SLC22A3 and H3F3B might influence the development of CAD by regulating the lipid levels.

影響因子:3.266 PMID29894858 期刊年卷:Thromb. Res. 2018 08;168

Copyright ? 2012-2019 天昊基因科技(蘇州)有限公司    All Rights Reserved    蘇ICP備17064027號-1
国语二级一代女皇